Diablo Java 6 が用意されているようです

http://www.freebsdfoundation.org/downloads/java.shtml

まだ ports からインストールすることはできないのですが、FreeBSD 用の Java 6 が Tarball で既に用意されているようです。
Packages は Available Soon と書いてあるので、ports 経由からのインストールもそのうち可能になるのでしょう。
一応、自分の環境では Tarball 版の diablo-jdk16 が動きました。


Tomcat とかを使っている場合は、rc.conf に

tomcat60_java_home="/usr/local/diablo-jdk1.6.0_07"

とか書けば、いいんじゃないでしょうか。
検証してないのでなんとも言えませんがw